Жданова О. А. 4(2017)

УДК 579

О. А. Жданова, С. Н. Янов

ИССЛЕДОВАНИЕ ПРИРОДНЫХ ИЗОЛЯТОВ ШТАММОВ ESCHERICHIA COLI

МЕТОДОМ МУЛЬТИЛОКУСНОГО АНАЛИЗА ЧИСЛА ВАРИАБЕЛЬНЫХ ТАНДЕМНЫХ ПОВТОРОВ

       Методы молекулярно-генетического типирования в настоящее время приобретают актуальность в связи с их высокой разрешающей способностью, точностью, воспроизводимостью. Перспективным методом сравнения геномов бактерий являетсямультилокусный анализ числа вариабельных тандемных повторов (VNTR-анализ). Метод VNTR-анализа был использован в данной работе для исследования 11 природных изолятов E. coli, выделенных от животных и человека. Были выбраны 4 VNTR-локуса, потенциально перспективные для типирования штаммов кишечной палочки. Разработан алгоритм,согласно которому для каждого VNTR-локуса былиподобраны нуклеотидные последовательности специфических пар праймеров. Образцы ДНК, выделенные из изолятов кишечной палочки, были использованы для постановки полимеразной цепной реакции с каждой парой праймеров. Путём определения длины полученных ампликонов методом электрофореза в агарозном геле, было установлено количество тандемных повторов в четырёх выбранных локусах. На основании полученных данных были составлены VNTR-профили изолятов.Изоляты 1 и 3, 5 и 7, 10 и 11 имеют одинаковое количество повторов во всех четырёх локусах, то есть принадлежат к одному или близкородственным штаммам E. coli. Таким образом, показана возможность использования с VNTR-анализа для выявления генетических различий между штаммами кишечной палочки.

       Ключевые слова: мультилокусный vntr-анализ, тандемные повторы, полимеразная цепная реакция, праймеры.